e-Taxで修正申告

去年の元旦からサラリーマンに戻ったのですが、今年も医療費控除のために、確定申告しました。
必要な書類と言えば、

• 医療費の領収証
• 源泉徴収票
• 生命保険料控除証明書

と、少ないので、1/15くらいに、すぐ申告をして、還付金もすぐ振り込まれたのですが、
前の会社の2008年12月の給与ってのが実はあって、
その源泉徴収票が1/21くらいに送られてきたので修正申告をすることになりました。

e-Taxで修正申告はしたことがなかったので調べたのですが、ここに書いてありました。
当初、提出した申告データに誤りがあり、訂正したいのですがどうすればいいですか。

問　当初、提出した申告データに誤りがあり、訂正したいのですがどうすればいいですか。

答　申告期限内であれば訂正後の申告データを作成し、送信してください。
　　特に、訂正したデータを送信した旨を税務署に連絡する必要はありません。
　　また、追加で添付書類を提出する必要がある場合には、添付書類送付書とともに提出してください。
　　なお、従来どおり、書面で訂正して申告を行うことも可能です。

※　送信するのは訂正した部分だけではなく、すべての帳票を送信してください。
　また、添付書類の追加がない場合は、添付書類送付書を出力して再度送付する必要はありません。
　おって、申告期限経過後に誤りにお気づきになられた場合の手続については、最寄りの税務署へお尋ねください。 

「H21申告」という名前の申告データを作って送信したならば、
それをコピーして、「H21修正申告」という名前の申告データを作って、再度送信すればOKです。

ですが、申告をコピーするという機能はe-Taxソフトにはありません。
上の例でいうと、「H21申告」の「源泉徴収票」帳票を編集して保存しようとすると、
作った申告は送信済みだから、新しい申告に保存するみたいなオプションが出てきます。
ここで、「H21修正申告」を指定すると、編集した「源泉徴収票」帳票＋「H21申告」にあったその他の帳票が
「H21修正申告」に引き継がれるという仕様のようです。なんか分かりづらい。。

運悪く(?)修正申告した結果が、修正前よりも還付額が少なかったため、
国にお金を返すことになりました。
どうやって返すのだろう？と、ここ数日モヤモヤしていましたが、
普通に(?)振込用紙が送られてきました。

前回還付したのがいくらで、今回の申告がいくらだから、
差額いくらいくらは払ってよねってな感じです。
さくっとペイジーで払って、H21年の確定申告は終了。
今年度も確定申告するとしたら、しくじらないように2月に入ってからやろうと思います。