NetBeans4.1にしました。

インストールした後、初回起動時に「4.0が発見されました！移行しますか？」みたいのが出てきて、はいってやったら自動的にプロジェクトが引き継がれました。ただ、WebプロジェクトはTomcatのバージョンが違うためか、素直には行かなかったので、プロジェクトを右クリックして問題解決みたいなメニューを選んだら直りました。もっと手間かかるかと思ったんですが、4.0→4.1の移行は簡単ですね。