やっぱ人災っぽい。

も一回NetBeans4.0で作ったWebプロジェクトを、NetBeans4.1にインポートして、再現するかどうかやってみたんですが、どうも手順ミスっぽいです。
nb4.0のWebプロジェクトをnb4.1にインポートすると、まず「参照の問題」というダイアログが表示されます。そのメッセージに、

「プロジェクト」ウインドウでプロジェクトを右クリックして、「参照の問題の解決」を選択して、見つからなかったリソースを探してください。

と出ます。
でもって、プロジェクトウインドウを開いてみると、ご丁寧にも問題のあるプロジェクトが赤文字で表示されます。で、こいつを右クリックすると、ポップアップメニューの下の方にこんな感じで表示されます。

• 参照の問題を解決
• 行方不明のサーバーの問題を解決
• プロパティ

で、多分、「参照の問題を解決」を選べばよいのでしょうけど、「行方不明のサーバーの問題を解決」を選択すると、Tomcat5.5.7を選択するような流れになって、一応処理は完了してしまいます。
つまり、指示と違うことやってるってとこですね。まあ、「行方不明のサーバーの問題を解決」っていう方が目立ったので、つい選んでしまったというところでしょうか。まだ確証は得ていないのですが、どうもこれが原因みたいです。
一応メッセージも載せときます。

致命的: Parse Fatal Error at line -1 column -1: Premature end of file.
org.xml.sax.SAXParseException: Premature end of file.
        at org.apache.xerces.util.ErrorHandlerWrapper.createSAXParseException(Unknown Source)

FAIL - Failed to deploy application at context path /WebApplication2
C:\work\project\WebApplication2\nbproject\build-impl.xml:355: 配備に失敗しました。
構築失敗 (合計時間: 1 秒)